首先，两者最大的区别在于产品设计上。专户理财的产品设计更为灵活，更加细化，一般会根据不同客户的偏好设计出相应的不同风险收益的投资组合，有点类似于现有的社保基金的各种组合。其次，专户理财不受公募类产品最低股票仓位的限制。最后，两者的业绩考核基准不同，专户理财业绩考核以绝对收益为准，公募基金业绩考核以相对收益为准。